В те времена, когда предательство Вармастера Хоруса бросило Империю в страшную гражданскую войну, легион Ultramarines был занят в боевых действиях на юге галактики. Их боевые успехи увели легион далеко от Земли (Blessed Terra), и от места нахождения предателей на северо-востоке. Новости о ереси Хоруса так и не достигли воинов Робута Гиллимана, пока не началась осада императорского дворца на Земле. Благодаря молниеносности атак предателей, Робут и его космодесант мало что могли сделать. Ни один из миров, недавно завоеванных Ультрамаринами не был в опасности от сил Хаоса. В последствии, Ультрамаринам просто не хватило времени добраться до места основных боевых действий гражданской войны. Их главным успехом во время Ереси было уничтожение большого флота космодесанта Хаоса, выдвинувшегося на помощь Вармастеру. После отступления предателей в Око Ужаса, Ultramarines освободили в кровавых битвах несколько захваченных Хорусом миров.

Видимо, так было угодно судьбе, чтобы Ультрамарины почти не пострадали от гражданской войны с Хорусом. Другие верные Империи легионы потеряли сотни воинов, а половина космодесантников перешла на сторону Хаоса. В результате число имперских космодесантников критически сократились, и возникла необходимость пополнить ряды легионов.